Con la entrada del nuevo milenio y bajo el mando de Matthias Sammer el BVB volvería a ganar la Bundesliga en 2002 y sería subcampeón de la Copa de la UEFA de 01-02 tras caer ante el Feyenoord en De Kuip por 3-2 (en lo que fue una amarga despedida para el central del equipo Jürgen Kohler tras su temprana expulsión). Llegaron los noventa al club del Este de la Ruhrpott y con él, el entrenador que les haría grandes Ottmar Hitzfeld y con él jugadores que llegarían a lo largo de la década de los noventa de la talla de Chapuisat, Sammer, Reuter, Tretschok, Riedle, Möller, Julio César, Patrik Berger, Herrlich, Kohler y Paulo Sousa ente otros con el que el BVB volvería a ganar la Bundesliga en la 94-95 y volver a revalidarla un año más tarde. De este once el portero Heinrich Kwiatkowski fue el primer jugador del BVB campeón del Mundo con la Mannschaft en el Mundial disputado en Suiza en 1954. Esto significó que el BVB jugaría la segunda edición de la Copa de Europa donde iba a debutar ante el CA Spora Luxembourg donde aquel partido disputado en el Rote Erde iba a terminar con un resultado de 4-3 siendo Helmut Bracht el autor del primer gol del BVB en Europa.
Además en aquella temporada el BVB estuvo a punto de llegar a su primera final continental pero el Inter de Milán de Luis Suárez y Helenio Herrera que a la postre serían campeones impidieron en semifinales de aquella Copa de Europa que los de Herrmann Eppenhoff llegaran a aquella final que se disputó en Viena. Además el equipo volvía a la competiciones europeas donde se encontró con la Juventus de Trapattoni, de los hermanos Baggio, Viali, Möller que le privó de ganar su primera UEFA tras superarle en aquella final a doble partido de la 92-93 por un global de 6-1, después en Inter en cuartos y nuevamente la Juventus en semifinales de la UEFA harían esfumarse las ilusiones del cuadro de Hitzfeld de ganar un título continental, un título que llegaría en la 96-97 en aquella final de la Champions League diputada en el Olímpico de Múnich ante la que fue su bestia negra en Europa, la Juventus de Turín. En aquella edición de la Recopa y tras superar al FC Floriana, CSKA Sofía, Atlético de Madrid y West Ham United, el cuadro alemán se plantaría en la final que se disputó en Glasgow ante el Liverpool de Bill Shankly, en aquella final disputada en Hampden Park un gol de Reinhard Libuda en la prórroga que rompió el 1-1 que se daba en el marcador dando así al BVB su primer título continental que fue el primer título que ganó un club alemán en Europa.
Pero el paso del equipo por Europa resultaría efímero tanto en Champions como en UEFA y a principios del año 2005 el Dortmund, el único equipo alemán que cotizaba en bolsa, equipacion borussia dortmund 2023 vio como sus acciones se desplomaban un 80% destapando un pozo negro que venía fraguándose varios años atrás debido a las malas inversiones realizadas. En aquella edición de la Champions se produjo el primer enfrentamiento entre dos clubes del mismo país (BVB y Bayern). El BVB estuvo al borde de la desaparición con una deuda superior a los 170 millones de euros tuvo que vender algunas de sus estrellas y además se llegó a traspasar su «templo» el Westfalenstadion a la sociedad de inversores Molsiris con el acuerdo de pagar un alquiler anual hasta 2017, año que volverían a comprar las instalaciones deportivas. Dos temporadas después de su ascenso a la Bundesliga, el cuadro de Otto Rehhagel iba a firmar una de sus tardes más negras en el fútbol en la última jornada de la temporada 77-78 cuando el Borussia Mönchengladbach le endosó un humillante 12-0 en Düsseldorf. Tras el éxito cosechado en Glasgow, el Borussia Dortmund tuvo unas temporadas que estuvo cerca del descenso a la Fußball Regionalliga que finalmente se certificó tras descender en la 71-72. Tras cuatro años en la 2. Bundesliga, el BVB de Otto Rehhagel logró el ascenso en la 75-76 tras superar una promoción de ascenso al 1. FC Nürnberg, en esta época el BVB ya había cambiado de sede abandonado el Kampfbahn Rote Erde por el nuevo Westfalenstadion.