A finales de año el club anuncia que Pep Guardiola no renovaría su contrato el cual expiraba al final de temporada, por lo que el club se hizo de los servicios del entrenador italiano Carlo Ancelotti. El 16 de enero de 2013, se hizo oficial la contratación del español Pep Guardiola para la temporada 2013-14 como nuevo entrenador hasta 2016 -ya que Heynckes había anunciado su retiro al final de esa temporada-. Para entonces, Lattek había sido muy criticado, sin embargo en su primera temporada completa como entrenador en jefe, ganó la Copa de Alemania y fue subcampeón de nuevo. Lattek describió la conversación como: «Sr. Copa de Europa», y anotaría al 57′ el único gol del partido ante el Saint-Étienne para ganar por tercera vez la Copa de Campeones de Europa. Bayern vencería en las rondas finales al Magdeburgo con global 5:3, Ararat Ereván con global 2:1, Saint-Étienne con global 2:0, y al Leeds United.
Finalmente el Bayern acabó nuevamente la temporada sin títulos, camiseta borussia dortmund 2024 al perder las finales de Copa -5:2 ante el Borussia Dortmund- y Liga de Campeones -por penaltis-. En el campo, Paul Breitner y la joven promesa Karl-Heinz Rummenigge, hicieron que el club fuese llamado como el «FC Breitnigge», ya que ambos condujeron al equipo hacia los títulos de la Bundesliga en 1980 y 1981. En 1982 se jugó la final de copa ante el Núremberg, donde después de ir perdiendo 0:2, el Bayern remontó y acabó ganando por 4:2 -Dieter Hoeneß con la cabeza ensangrentada, y cubriéndose la herida con un vendaje marcó un gol-. Años más tarde Rummenigge y Breitner harían que el Bayern fuese conocido como el «FC Breitnigge». Ese año en cambio se perdió la final de la Copa de Europa contra el Aston Villa por 0:1. Por otra parte, entre 1966 y 1981 el Bayern colocó a varios de sus jugadores en el galardón del futbolista del año en Alemania hasta un total de once veces: Beckenbauer (4), Maier (3), Müller (2), camiseta borussia dortmund Rummenigge y Breitner con uno.
Comienza la temporada 2012-13 perdiendo la final de la Liga Total Cup ante el Werder Bremen y la Supercopa de Alemania ante el Bayern Múnich. En la Copa de Alemania llegaron a semifinales donde cayeron ante el Hamburgo. El reinado de Hitzfeld acabó en 2004, a causa de esto el Bayern perdió desempeño, incluyendo una derrota en la Copa de Alemania contra el Alemannia Aquisgrán -equipo de la 2. Bundesliga-. Por su parte, el Bayern costeó su traslado y alojamiento. Después de las vacaciones de invierno el Bayern logró mejorar su posición y se ubicó tercero en la liga. Una temporada más tarde el Bayern conquistó su cuarto doblete, dirigiendo la liga por un margen estrecho. Antes del inicio de la nueva temporada el club le daría la oportunidad de debutar a dos jugadores que más tarde determinarían el futuro del Bayern: Uli Hoeneß y Paul Breitner. El partido de vuelta en el estadio Olímpico de Múnich estaba lleno, y Paul Breitner jugaría con la camiseta del Real Madrid. Cristiano Ronaldo ha cumplido su partido número 400 como madridista, una cifra que han alcanzado únicamente 22 futbolistas a lo largo de la 115 años de historia del Real Madrid y que lidera Raúl con 741 encuentros.
Sin embargo, pocos días después elimina al Real Madrid en una «agónica» tanda de penaltis -el resultado tras ambos encuentros fue de 2:1 favorable al conjunto que actuaba como local- en la que Philipp Lahm y Toni Kroos fallaron, mientras que Cristiano Ronaldo, Kaká y Sergio Ramos erraron por parte del club español. Posteriormente vencerían al Malmö y al Benfica, para disputar la semifinal ante el Real Madrid. La Supercopa de Europa la disputarían ante el Magdeburgo, quien venía de vencer en la final de la Recopa de Europa al Milan, pero el Bayern y el Magdeburgo no pudieron ponerse de acuerdo en la fecha del partido, y terminó por no jugarse. Durante la primera mitad de la temporada 2008-09 de la Bundesliga, el Bayern tuvo un principio tambaleante, ganando simplemente dos partidos hasta el sexto partido, pero después empezó a estar a la altura de las circunstancias. Es el himno del equipo «bávaro», y es cantada al principio de sus partidos en el estadio Allianz Arena de Múnich.